Na obszarze Doliny Wapienicy zachował się również naturalny charakter przestrzenny zespołów leśnych typowy dla Beskidu Śląskiego. Na ten naturalny beskidzki krajobraz składa się nie tylko szata roślinna, ale także zamieszkujące tutejsze lasy zwierzęta, w niewielkim stopniu zmienione gleby, źródła i potoki tworzące skomplikowaną sieć wodną, zasilaną przez wodonośne utwory fliszowe, ciekawa rzeźba terenu wyrażająca się m.in. występowaniem jaskiń pochodzenia osuwiskowego, schronisk skalnych oraz wychodni piaskowcowych, z których uroczysko Diable Młyny posiada ponoć tajemną moc.
Występują tu wszystkie typowe dla Beskidu Śląskiego piętra roślinne: pogórza, regla dolnego oraz regla górnego.
W najniżej położonych partiach doliny występuje podgórski łęg jesionowy, który swą różnorodność gatunkową zawdzięcza nie do końca uregulowanym potokom, których wylewy dostarczają siedliskom nowych substancji pokarmowym.
Wyżej położone są siedliska olszynki karpackiej. Tworzą ją niewielkich rozmiarów okazy olszy szarej oraz wierzby kruchej i olszy czarnej.
Siedliska dolnoreglowe zajmuje jaworzyna górska, którą tworzą buk, jawor i jesion, którego udział w zbiorowiskach dolnoreglowych należy do rzadkości w Beskidach Zachodnich.