Capell zasugerował, że w wielu językach Małych Wysp Sundajskich i Moluków zaznaczyły się wpływy nieaustronezyjskiego podłoża językowego.
Pierwotna postać fyli zachodniopapuaskiej – z uwzględnieniem TAP oraz papuaskich języków Bomberai i południowej Ptasiej Głowy (South Bird’s Head, SBH) – nie przetrwała próby czasu, do czego przyczyniło się kilka czynników: niedoskonałość zastosowanej metody leksykostatystyki, nierozpoznanie niektórych pożyczek austronezyjskich i słaba jakość wykorzystanych danych. Wraz z pojawieniem się nowych danych języki TAP zaczęły być zaliczane do rodziny transnowogwinejskiej (aczkolwiek z ograniczoną dozą pewności). Niemniej zgodnie z propozycją, którą wysunął M. Donohue (2008), mógł istnieć kontakt między przodkami języków zachodniopapuaskich i rodziny TAP. Podobnie C.L. Voorhoeve (1984) nie wyklucza historycznego związku między językami zachodniopapuaskimi a niektórymi transnowogwinejskimi; odnotowano bowiem podobieństwa leksykalne między tymi grupami.