Cowan poczynił obserwacje, które pozwoliły mu powiązać ze sobą szereg papuaskich rodzin Indonezji. Postulował m.in. pokrewieństwo języków NH i języków Ptasiej Głowy (Doberai), odnotowując istotne podobieństwa morfologiczne (w przedrostkach wyrażających podmiot) – które sugerują bliższy związek NH z językami zachodniej Ptasiej Głowy (West Bird’s Head, WBH) – oraz niewielką liczbę podobieństw słownikowych. W serii artykułów (1957–1965) przedstawił propozycję dużej rodziny (fyli) zachodniopapuaskiej, obejmującej: języki NH, większość papuaskich języków Ptasiej Głowy, język yawa z wyspy Yapen (względnie języki yapen), a także część języków półwyspu Bomberai oraz języki timor-alor-pantar (TAP). Początkowo do fyli zachodniopapuaskiej nie włączono języków wschodniej Ptasiej Głowy (East Bird’s Head, EBH) – sougb (mantion) i meax/meyah (mansibaber); ponadto Cowan nie uwzględnił niepoznanych wówczas języków hatam i borai. Niektórzy inni autorzy, jak S.A. Wurm (1975), stali na stanowisku, że obecność zbieżnych elementów w językach zachodniopapuaskich i TAP (oraz językach andamańskich) należy tłumaczyć wpływem substratu. Jednocześnie A.