Typologia Wykazują szereg punktów wspólnych w zakresie typologii, zarówno między sobą, jak i w porównaniu z okolicznymi językami austronezyjskimi. Jednocześnie odróżniają się od wielu innych rodzin języków papuaskich. Do charakterystycznych ich cech należą: mało złożona morfologia, rozróżnienie między rodzajem męskim i żeńskim w formach czasowników (3. os. l. poj.), obecność przyimków oraz szyk zdania SVO (podmiot orzeczenie dopełnienie). Prefiks 1. os. l. poj. konsekwentnie przybiera postać *t ∼ *d.
Wpływy austronezyjskie w typologii języków północnohalmaherskich, pomimo bliskości geograficznej obu rodzin językowych, są słabiej zaznaczone niż w pozostałych językach regionu. W konserwatywnych językach północnej Halmahery występują poimki oraz szyk zdania SOV (podmiot dopełnienie orzeczenie), zgodnie z hipotetyczną specyfiką języka prazachodniopapuaskiego; ponadto ich morfologia jest stosunkowo bogata. Również w języku yawa obowiązuje szyk SOV, przeważający w językach papuaskich.