Do lat 70. XX w. do rodziny zachodniopapuaskiej zaliczano także języki papuaskie Timoru oraz wysp Alor i Pantar w południowej Indonezji. W toku późniejszych badań klasyfikację tę uznano za błędną, a języki timor-alor-pantar zaczęto włączać w ramy rodziny transnowogwinejskiej (co uchodzi za bardziej słuszne). Stwierdzono także istnienie podobieństw słownikowych między językami zachodniopapuaskimi a andamańskimi, jednakże ich związki pozostają bliżej nierozstrzygnięte. Nowsza propozycja łączy języki zachodniopapuaskie z wysuniętymi na wschód językami torricelli.
Języki regionu są w różnym stopniu zagrożone wymarciem. Wszystkie z nich znajdują się pod presją języka narodowego Indonezji i lokalnych języków malajskich, a czasem również innych języków austronezyjskich. Przyczynia się do tego urbanizacja wraz z postępującym wpływem systemu edukacji.