Po udanym sezonie 2007/08 klub zajął 4. miejsce w II lidze (występującej pod nazwą Bank Asya 1. Lig) i zakwalifikował się do gier barażowych o trzecie miejsce premiowane awansem do pierwszej ligi. W rozgrywkach drugoligowych klub prowadzony był przez dwóch trenerów - od 1 do 26 kolejki drużyną kierował Metin Diyadin, a od 27 do 34 kolejki - Nejad Biyedic.
Pierwszym barażowym rywalem był klub Diyarbakirspor, z którym Eskişehirspor zremisował 0:0 i do dalszej gry awansował dzięki zwycięstwu w rzutach karnych 6:5. Następnie w Stambule, na stadionie Besiktasu BJK İnönü Stadı, Eskişehirspor po tym, jak bramki zdobyli Doğa Kaya i Coşkun Birdal, pokonał 2:0 Boluspor i awansował do pierwszej ligi.
Nowym prezesem klubu 3 czerwca 2008 został Halil Ünal, a nowym trenerem na sezon 2008/09 - Rıza Çalımbay.
28 czerwca 2012 roku nowym zawodnikiem klubu został polski pomocnik Patryk Małecki (wypożyczenie w sezonie 2012/13 z Wisły Kraków).
Europejskie puchary