Modernizacja W przeszłości posterunek ruchu pełnił rolę stacji kolejowej z dwiema nastawniami: dysponującą "ZK" od strony Warszawy oraz wykonawczą "ZK1" od strony Białegostoku. Pomiędzy nimi biegł tor główny dodatkowy przylegający do wyspowego peronu 1. Po zamknięciu nastawni od strony Białegostoku jedynymi czynnymi rozjazdami były te przy nastawni dysponującej, przez co stacja kolejowa została zdegradowana do roli posterunku odgałęźnego.
13 czerwca 2017 PKP Polskie Linie Kolejowe podpisały umowę na modernizację odcinka linii kolejowej nr 6 Sadowne – Czyżew prowadzonej w ramach projektu Rail Baltica. W sierpniu 2017 r. zamknięto tor nr 1 (w kierunku Białegostoku) i przystąpiono do rozbiórki wyspowego peronu 1 Ruch wówczas odbywał się jednotorowo po torze nr 2 (w kierunku Warszawy), a Zaręby Kościelne stały się posterunkiem odstępowym. W I kwartale 2019 r. zakończono modernizację toru 1 w związku z czym 10 marca 2019 przełożono nań cały ruch, po czym rozpoczęto rozbiórkę toru 2 oraz starego peronu 2. W połowie 2019 r. zburzono obydwie nastawnie. Drugi tor na modernizowanym odcinku oddano do użytku 30 grudnia 2019 roku. W wyniku prac modernizacyjnych posterunek ruchu w Regulaminie sieci 2018/2019 i następnych widnieje jako przystanek osobowy.