Opracowała ją na podstawie diagramów swego ojca, a także w oparciu o klasyfikację taksonomiczną wywodzącą się z prac grupy matematyków z kręgu Hugo Steinhausa, profesora Uniwersytetów Lwowskiego i Wrocławskiego. Główną zasadą tej metody jest formalizacja analizy melodycznej, przetwarzanie informacji o różnicach, a następnie grupowanie melodii według podobieństw. Jako jedyny etnomuzykolog polski publikowała monografie w prestiżowych wydawnictwach zachodnich (Uniwersytet w Kolonii i w Cambridge University Press). Jej książka Slavonic Heritage. Polish Tradition, Contemporary Trends (1990) należy do klasycznej już literatury przedmiotu. W książce Studien zum Nationalstil der polnischen Musik (1990) włączyła się do dyskusji nad problematyką stylu narodowego, którą następnie kontynuowała w kierowanym przez nią w szeroko zakrojonym projekcie zbiorowym Dziedzictwo europejskie a polska kultura muzyczna w dobie przemian (wyd. 1995). Czekanowska wykształciła wielu znanych obecnie etnomuzykologów, takich jak: prof. Piotr Dahlig, prof. Sławomira Żerańska-Kominek i prof. Katarzyna Dadak-Kozicka. W przedostatniej, autobiograficznej książce, Czekanowska wspominała swoje dzieciństwo we Lwowie: Świat rzeczywisty – świat zapamiętany. Losy Polaków we Lwowie (1939-41) (wyd. 2010). Autobiograficzny charakter ma także jej ostatnia książka pt.