Była autorką jednych z niewielu w Polsce podręczników z zakresu etnomuzykologii – Etnografia muzyczna. Metodologia i metodyka (1971) oraz Kultury muzyczne Azji (1981).
Cechą charakterystyczną obszernego dorobku naukowego Czekanowskiej była jego wielostronność. Był on wprawdzie skoncentrowany głównie na etnomuzykologii, lecz w jej obrębie uczona penetrowała problematykę zarówno etnomuzykologii Polski, jak i kultur muzycznych świata. Interesowały ją kwestie metodyki i metodologii badań etnomuzykologicznych, jak i związki muzyki ludowej z dyskursami muzycznymi i paradygmatami stylistycznymi muzyki artystycznej. Dzięki tej wielostronności problematyki badawczej i bogatych doświadczeń we współpracy międzynarodowej, Czekanowska była pierwszym etnomuzykologiem, który wprowadził problematykę polskich badań w tym zakresie na arenę międzynarodową. Jej wpływ na badania późniejszych pokoleń polskich etnomuzykologów jest znaczący. Wytyczone przez nią nurty badawcze są do dziś kontynuowane w pracach jej uczniów.