Nazwę pozostałego międzyrządowego III filaru zmieniono na współpraca policyjna i sądowa w sprawach karnych.
W ramach III filaru UE realizowane były programy: Grotius (Unia Europejska) Grotius II (Unia Europejska) Falcone (Unia Europejska)
Przeciwdziałanie zagrożeniom terrorystycznym w Unii Europejskiej w ramach III filaru realizowane było w oparciu o wiele wyspecjalizowanych instytucji, agencji oraz inicjatyw, m.inAleksander Olech Walka z terroryzmem polskie rozwiązania a francuskie doświadczenia, Warszawa 2021, s.66..: Koordynatora Unii Europejskiej ds. Zwalczania Terroryzmu (The European Union Counter-Terrorism Coordinator), Europejski Urząd Policji (Europol), Europejską Jednostkę Współpracy Sądowej (Eurojust), Grupę Przeciwdziałania Terroryzmowi (The Counter-Terrorism Group – CTG) Grupę Roboczą UE ds. Terroryzmu (The Working Party on Terrorism), Policyjną Grupę Roboczą UE ds. Terroryzmu (The Police Working Group on Terrorism), Grupę ATLAS, Stały Komitet Współpracy Operacyjnej w zakresie Bezpieczeństwa Wewnętrznego (The Standing Committee on Operational Cooperation on Internal Security – COSI) Program śledzenia środków finansowych należących do terrorystów (The Terrorist Finance Tracking Program – TFTP).