Jej powstanie wiązało się z nadchodzącym zniesieniem kontroli na granicach wewnętrznych i uruchomieniem SIS.
Współpraca w zakresie wymiaru sprawiedliwości i spraw wewnętrznych (1993-1999) Wskutek traktatu z Maastricht w 1992 r. utworzony został międzyrządowy trzeci filar Unii Europejskiej. Współpraca w tym obszarze koncentrowała się wokół zwalczania przestępczości. Jego pierwotna nazwa brzmiała: współpraca w zakresie wymiaru sprawiedliwości i spraw wewnętrznych (WSiSW, ang. Justice and Home Affairs, JHA). Dotyczył on problemów imigracji, przestępczości zorganizowanej, terroryzmu i patologii społecznej oraz spraw wizowych i azylów.
Najważniejsze instrumenty przyjęte w ramach filaru: Konwencja dublińska - 1990 r. Konwencja o Europolu - 1995 r. Konwencje ekstradycyjne
Współpraca policyjna i sądowa w sprawach karnych (1999-2009) W wyniku wejścia w życie traktatu amsterdamskiego z 1997 r. nastąpiło uwspólnotowienie części tego filaru, czyli przeniesienie niektórych polityk (polityka wizowa, azylowa, imigracyjna i inne polityki związane ze swobodnym przepływem osób) do pierwszego filaru. Tym samym sprawy te zostały objęte jurysdykcją Trybunału Sprawiedliwości.