Temperatura zarówno niska jak i wysoka wpływa na różnorodność i skład bakterioneustonu. Tworzenie się lodu podczas jesiennych przymrozków wpływa niszcząco na warstwę bakterioneustonu, jej wielkość i aktywność. Po nocnym powstaniu lodu i rozpuszczeniu go ranem potrzebny jest czas do ponownego utworzenia warstwy neustonowej. Krótkotrwałe, ale gwałtowne zmiany temperatury zwiększają różnorodność biologiczną bakterioneustonu, poprzez tworzenie nisz termicznych zasiedlanych przez bakterie o różnych wymaganiach termicznych.
Metale ciężkie także wpływają na skład bakterioneustonu. Najbardziej toksyczne są nieorganiczne połączenia metali dobrze rozpuszczalnych w wodzie. W neustonie większość toksycznych metali jest powiązanych z rozpuszczalną materią organiczną, przez co są mniej toksyczne, ale występują w dostatecznie dużych stężeniach aby stanowić zagrożenie dla bakterioneustonu. Jednakże bakterie wyizolowane z warstwy powierzchniowej wykazywały większą tolerancje na obecność metali ciężkich niż bakterie toni wodnej. Związane jest to z przekazywaniem plazmidów w których zakodowana jest zdolność do zmiany wartościowości metali, ich metylacji i demetylacji. Bakterie te mogą także wytwarzać zewnątrzkomórkowe biopolimery wiążące jony metali ciężkich, chroniąc komórki.