W 2004 r. władze miejskie wykupiły teren od poprzedniego właściciela i pod koniec marca tego samego roku przekazały cmentarz Gminie Wyznaniowej Żydowskiej w Szczecinie. Specjalna uroczystość z tej okazji miała miejsce 4 maja 2004 r., a w niej wzięło udział około 20 rabinów, m.in. rabin Berel Polatsek z Brooklynu, a także Eve Anderesen – dyrektor FODŻ, konsul ambasady USA w Warszawie, burmistrz Słubic Ryszard Bodziacki oraz nadburmistrz Frankfurtu nad Odrą Martin PatzeltBeata Bielecka: Co dalej z cmentarzem żydowskim w Słubicach?. Już 12 grudnia 2004 roku doszło do kolejnej dewastacji cmentarza – kradzież ogrodzenia, jednak ze względu na niewykrycie sprawców śledztwo umorzonoKradzież części ogrodzenia na cmentarzu żydowskim w Słubicach..
W 2007 r. cmentarz przeszedł na własność Fundacji Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego w Warszawie i został gruntownie wyremontowany. 15 maja 2008 r. do grobu rabina Theomima przybyli chasydzi z całej Europy, a także ze Stanów Zjednoczonych. W uroczystości upamiętniającej żydowską społeczność miasta udział wzięli m.in.