Na powierzchni 2,4 hektara nie zachował się wtedy ani jeden nagrobek. Macewy wywieziono na wysypisko śmieci oraz do lasu w pobliżu lotniska wojskowego.
W 1985 r. Polska Służba Ochrony Zabytków uznała główną część byłego cmentarza za miejsce historyczneBeata Bielecka: Cmentarz żydowski w Słubicach ma ponad 600 lat i jest jednym z najstarszych w Europie Środkowej.. W 1988 roku Fundacja Rodziny Nissenbaumów przeprowadziła prace porządkowe i ogrodziła część terenu cmentarza.
Okres III RP (od 1989) Na początku lat 90. teren sprywatyzowano, a zajazd przekształcono w motel „Eden” z klubem nocnym.
W 1999 r. obchodzono 600. rocznicę pierwszej pisemnej wzmianki na temat cmentarza. Przy tej okazji ufundowano tablicę pamiątkową w językach hebrajskim, polskim i niemieckim. Polska wersja brzmi: „Uszanuj miejsce wiecznego spoczynku. Cmentarz żydowski założony w XIV wieku. Mieszkańcy miast Frankfurt (Oder) i Słubice 1999”W rzeczywistości powinno być: wzmiankowany w XIV wieku, bo założenie nekropolii nastąpiło przynajmniej w wieku XIII.. Klub nocny na cmentarzu żydowskim stał się jednym z tematów podczas wizyty premiera RP Leszka Millera w Stanach Zjednoczonych.