Ciężko uszkodzony okręt powrócił na Truk, a następnie został odesłany do Japonii. Powrócił do służby w lutym 1943, ale już w kwietniu tego roku został poważnie uszkodzony przez lotnictwo amerykańskie w Kavieng. Bomby spowodowały eksplozję torped i okręt musiał wyrzucić się na brzeg, żeby nie zatonąć. „Aoba” został odholowany to bazy Truk, a następnie do Japonii na kolejną naprawę. Po naprawie stacjonował od grudnia 1943 w Singapurze, skąd przede wszystkim eskortował konwoje.
11 października „Aoba” odniósł niegroźne obrażenia po kolizji z krążownikiem „Kinu”. 23 października został zaatakowany przez okręt podwodny USS „Bream”, którego torpeda trafiła w maszynownię. Podczas prowizorycznej naprawy w stoczni w Manili został zbombardowany. Po przybyciu do Japonii został odstawiony do rezerwy jako nienaprawialny.
24 kwietnia 1945 krążownik został zbombardowany w porcie Kure i osiadł na dnie. 25 lipca ponownie stał się celem ataków i zatonął głębiej. 28 lipca wrak został po raz kolejny zbombardowany. „Aoba” został formalnie skreślony z listy floty 20 listopada 1945. Złomowano go w 1946 i 1947.