Baghetti wziął udział w dwóch innych eliminacjach tego sezonu, jednak zarówno w Wielkiej Brytanii jak i we Włoszech musiał się wycofać. Mimo to w GP Włoch ustanowił czas najszybszego okrążenia. Wygrał również w tym sezonie słabo obsadzone Prima Coppa Italia.
Na sezon 1962 Giancarlo został awansowany do fabrycznego zespołu Ferrari. Zawiódł jednak oczekiwania, gdyż Ferrari w tym sezonie było znacznie słabsze od brytyjskich zespołów. Punktował w mistrzostwach tylko dwa razy – był czwarty w GP Holandii i piąty we Włoszech. To były ostatnie punkty zdobyte w karierze tego świetnie zapowiadającego się kierowcy.
W 1963 Baghetti startował w barwach Automobili Turismo e Sport razem z Philem Hillem. Cały sezon był stracony, gdyż Włoch został sklasyfikowany tylko w jednym wyścigu i to na bardzo odległym miejscu. W 1964 startował w odkupionym i przestarzałym BRM-ie, dla którego szczytem możliwości było siódme miejsce w Austrii. Po kolejnym nieudanym sezonie kariera Giancarlo Baghettiego w Formule 1 właściwie dobiegła końca. Startował już tylko w domowym wyścigu do 1967, jednak bez sukcesów.