W liście do redakcji „Głosu Polskiego” jako powód wskazał napięcia związane z aresztowaniem Siergieja Nieczajewa w Zurychu w sierpniu 1868 oraz wątpliwości dotyczące powiązań niektórych członków Towarzystwa, w szczególności Adolfa Stempkowskiego, który okazał się informatorem carskiej policji.

Po odejściu Tokarzewicza oraz rosyjskich działaczy, Towarzystwo stopniowo zaprzestało działalności, choć formalnie nigdy nie zostało rozwiązane. Jednym z jego ostatnich działań był protest przeciwko decyzji władz szwajcarskich o ekstradycji Nieczajewa do Rosji. Według relacji Rallego, część byłych członków Towarzystwa zaangażowała się później w działalność przestępczą – w tym w produkcję fałszywych rubli w Solothurn, co odbiło się echem w prasie europejskiej.

Po upadku powstania styczniowego krąg współpracowników Bakunina z Polski uległ znacznemu uszczupleniu. Nieliczni, którzy pozostali, stanowili grupę rewolucyjnych radykałów, opowiadających się za „Polską socjalną”, opartą na własności wspólnotowej, ateizmie i zasadach anarchizmu.