Jednym z kluczowych punktów spornych była kwestia tzw. Polski historycznej. Tokarzewicz zakwestionował programowe odrzucenie koncepcji Polski w granicach sprzed 1772. Jego próby zmiany programu spotkały się ze sprzeciwem zarówno Bakunina, jak i Rallego. Polscy członkowie Towarzystwa przyjęli jednak nową wersję, w której większy nacisk położono na cele narodowo-wyzwoleńcze i walkę z zaborcami: Rosją, Austrią i Prusami. W zakresie społecznym nowy program pozostał niejednoznaczny, ograniczając się do ogólnikowych stwierdzeń o potrzebie przebudowy struktur społecznych.
W wyniku tych zmian z Towarzystwa wystąpili Ralli, Elsnic i Golstein. W imieniu całej trójki list pożegnalny napisał Bakunin, który podkreślił, że celem ich udziału w Towarzystwie była wspólna walka o wyzwolenie ludów. Program, który początkowo popierali, zakładał zniesienie zarówno ucisku politycznego, jak i eksploatacji ekonomicznej. Zmiana kursu organizacji skłoniła ich do odejścia.
Tokarzewicz również opuścił Towarzystwo po zaledwie dwóch tygodniach członkostwa.