Ponadto część zbiorów zdeponowano do banków, ewakuowano do piwnic dawnej siedziby muzeum, dzięki czemu zbiory uniknęły zniszczeń, które dotknęły Kolonię w tym klasztor Świętego Heriberta.
Kościół Świętej Cecylii thumb|left|Kościół Świętej Cecylii (po lewej) oraz budynek biblioteki (po prawej) projektu Karla Banda
W 1950 architekt Karl Band (1900-1995) wysunął koncepcję eksponowania zbiorów w romańskiej przestrzeni sakralnej, dzięki decyzji z dnia 4 maja 1956 sygnowanej przez ówczesnego kardynała kolońskiego Josepha Fringsa, zbiory przeniesiono do kościoła Świętej Cecylii. Otwarcie nowej ekspozycji w tymże kościele miało miejsce dnia 5 maja 1956. Funkcję dyrektora sprawował wówczas Hermann Schnitzler. Następny dyrektor Anton Legner (lata urzędowania 1970-1990) podjął szeroko zakrojoną akcję promocyjną placówki, za jego kadencji miały miejsce wielkie międzynarodowe wystawy czasowe i konferencje naukowe, ponadto w latach 1976–1977 Legner rozbudował przestrzeń muzealną, która objęła cały kościół wraz z kryptą. Po nim funkcję dyrektora przejęła Hiltrud Westermann-Angerhausen, która pełniła swą funkcję do 2009 roku. Za jej kadencji dokonano gruntownego remontu muzeum (lata 2001–2003), którego nazwę przemianowano na obecną, nowych aranżacji ekspozycji.