Nazwa Museum Schnütgen po raz pierwszy pojawiła się w roku 1918, decyzją rady miejskiej uchwaloną dnia 10 stycznia. Pierwszym kustoszem zbiorów i dyrektorem został Fritz Witte, teolog, historyk sztuki oraz długoletni przyjaciel Schnütgena. W latach 1912–1926 podczas swojej dyrekcji Witte opracował szereg publikacji o rzeźbie i utensiliach liturgicznych.
Klasztor Świętego Heriberta w Deutz thumb|Opactwo Świętego Heriberta w Deutz, widok współczesny Przed rokiem 1932 podjęto decyzję przeniesienia zbiorów do opactwa Świętego Heriberta w dzielnicy Deutz po prawej stronie Renu, ze względu na brak przestrzeni na tworzenie nowych ekspozycji dla nowych nabytków. Dnia 19 marca 1932 tegoż roku ponownie otworzono muzeum, które funkcjonowało do II wojny światowej, podczas której zbiory ewakuowano m.in. do klasztoru Dietramszell, rezydencji w Gaibach i Pommesfeldern, a ponadto do zamku Baldern oraz Brombachu, Kochendorfu, Nedensdorfu, Huglfing (Oberschwarzbach) oraz Rottach (Egern).