W 2008 roku w USA zaprezentowano kolejną odmianę wyposażeniową (wcześniej w USA dostępna była 1 wersja wyposażenia). W tym samym roku zmieniono koła 17-calowe Bridgestone Potenza RE-070 z przodu 245/40, z tyłu 255/40 oraz zmieniono tylny zderzak i dodano duży spoiler. W tym samym roku zaprezentowano wersję CR – Club Racing (Type-S).
W 2009 roku na zakończenie produkcji na rynku europejskim pojawiła się specjalna edycja auta pod nazwą S2000 Ultimate Edition (na rynek polski trafiło 10 egzemplarzy), a na rynku brytyjskim S2000 GT Edition 100.
Wersje: CR – wersja bez koła zapasowego, sprzętu audio i klimatyzacji; z dodatkami aerodynamicznymi, utwardzonym zawieszeniem oraz szerszymi tylnymi oponami Mugen RJ Type-S Ultimate Edition/GT Edition 100 – nadwozie w kolorze Grand Prix White; wnętrze wykonane z czerwonej skóry.