Honda S2000 AP2 to wersja auta z 2003 roku po przeprowadzonym face liftingu produkowana do czerwca 2009 roku w Suzuce.
W autach z 2004 roku zmieniono 16-calowe opony na 17-calowe Bridgestone Potenza RE-050 zmniejszając nadsterowność pojazdu, zmodyfikowano amortyzatory oraz geometrię zawieszenia do poprawy stabilności jazdy. W przekładni manualnej synchronizatory z mosiądzu zmieniono na synchronizatory z włókna węglowego. Ponadto przeprowadzono zmiany kosmetyczne: nowy przedni i tylny zderzak, nowe reflektory LED oraz tylne lampy.
W 2006 roku na rynku japońskim silnik F20C zamieniono na F22C1, a we wszystkich modelach wprowadzono system elektronicznej kontroli stabilności, nowe koła oraz kolor nadwozia. We wnętrzu poprawiono fotele oraz dodano głośniki stereo zintegrowane z zagłówkami. W tym samym roku Honda zdecydowała się na zastosowanie elektronicznie otwieranej przepustnicy oraz systemu kontroli trakcji zwanym w Hondzie Vehicle Stability Assist.
W 2007 roku wprowadzono na rynek limitowaną edycję 50 sztuk nazwanych RJ w kolorze białej perły nazwaną od imion Rubensa Barrichello i Jensona Buttona. Auto jest podziękowaniem za obecność Hondy (Honda Racing F1) w Formule 1.