Spory między księciem i biskupem trwały do końca XVI wieku. Karczmę po raz ostatni ujęto w spisie dóbr biskupich w 1579 roku. Później przeszła pod władzę księcia, który w pobliżu założył folwark Kodram, obecnie istniejący jako wieś Kodrąb. Spustoszenie we wsi przyniosła w 1628 roku wojna trzydziestoletnia. Międzyzdroje miały w tym czasie 21 mieszkańców, od których pobierano daniny na potrzeby wojska. Podczas wojny miejscowość stała się terenem przemarszów wojsk cesarskich i szwedzkich. Prusacy w pobliżu karczmy zbudowali swoje szańce, które przetrwały do końca XVII wieku. Niedaleko znajdowało się także jedyne przejście z Półwyspu Przytorskiego na Wolin. Podczas wojny Międzyzdroje dostały się pod panowanie szwedzkie. W 1637 roku karczmarzem został Krucke, Szwed, będący również właścicielem wsi. Większość mieszkańców w tym czasie utrzymywała się z rybołówstwa. Kolejnym właścicielem karczmy został Hans Schűneman, który w latach 1688–1697 zbudował na jej miejsce nową. Pod koniec wieku Międzyzdroje zamieszkiwało 15 osób. 18 czerwca 1615 roku przybyły do Międzyzdrojów wojska cesarskie. Kolejne walki i przemarsze wojsk spowodowały dalsze wyniszczenie wsi i spowolnienie przybywania osadników. W 1720 roku Pomorze wróciło pod panowanie pruskie. W 1771 roku ludność wsi liczyła 31 mieszkańców, w tym dwie rodziny samodzielnych gospodarzy.