Lucas wyrusza ze swoim psem oraz dwoma postaciami - Dusterem i księżniczką - w celu uratowania świata.
Produkcja thumb|Konsola Nintendo 64 z dodatkiem 64DD, na który miała być przeznaczona gra Mother 3. Prace nad Mother 3 rozpoczęły się w 1994 roku. Producentami byli Shigeru Miyamoto i Satoru Iwata. Początkowo gra miała być przeznaczona na konsolę Super Famicom, lecz inspirując się Super Mario 64 zdecydowano się na wybór platformy Nintendo 64. Przez ograniczenia techniczne konsoli gra miała być tytułem na 64DD, akcesorium Nintendo, które wydano w 1999 wyłącznie w Japonii. Decyzję cofnięto z powodu porażki finansowej 64DD.
W sierpniu 2000 roku twórca serii, ogłosił, że Mother 3 został anulowany z powodu opóźnień w kwestii wydania gry. Efekty pracy nad grą zostały wykorzystane do rozwoju konsoli GameCube.
W 2003 roku pojawiła się reklama zestawu gier Mother 1+2, w której ogłoszono, że prace nad Mother 3 zostały przywrócone jako gra konsolę Game Boy Advance. Itoi sądził, że przywrócenie projektu będzie niemożliwe, jednak zmienił zdanie z powodu poparcia ze strony fanów Mother. Za produkcję gry odpowiadało i . Grafika została przemieniona z trójwymiarowej w dwuwymiarową.