Okres berliński (1799–1814) W 1800 r. Fichte opublikował „Powołanie człowieka”, które miało być pośrednią odpowiedzią na zarzuty Jacobiego, a także traktat polityczny „Zamknięte państwo handlowe” (niem. Der geschlossene Handelsstaat). Nie pracował wówczas na uczelni (w Berlinie nie było wtedy uniwersytetu), utrzymywał się z dochodów z publikacji książek i udzielania prywatnych lekcji. W Berlinie mieszkał aż do śmierci w 1814 roku, opuścił miasto na jeden semestr w 1805 r., gdy był zatrudniony na uniwersytecie w Erlangen.

Fichte publikował w tym okresie teksty polityczne, jednym z najważniejszych są „Mowy do narodu niemieckiego” (1808). Tekst jest zapisem wykładów wygłoszonych w okupowanym przez Francję Berlinie. Filozof podkreśla w nich, że Niemcy są narodem wyjątkowym, który posiada szczególną misję dziejową. Z tego względu Fichte jest uważany za jednego z pionierów niemieckiego nacjonalizmu.

W 1810 r., po otwarciu Uniwersytetu Berlińskiego został mianowany dyrektorem wydziału filozofii, a w 1811 r. wybrano go rektorem uniwersytetu.