W 1798 Fichte opublikował artykuł „O podstawie naszej wiary w boskie panowanie nad światem”. Tekst ten był reakcją na pisma sympatyka filozofii Fichtego Friedricha Karla Forberga. W tekście Fichte stwierdzał, że religia nie posiada wartości samoistnej i sprowadza się jedynie do moralności; nie da się spekulatywnie dowieść istnienia Boga, a wiara jest jedynie arbitralnym przekonaniem. Tekst Fichtego wywołał oburzenie, anonimowy autor opublikował pamflet, w którym oskarżał Fichtego o ateizm i domagał się jego usunięcia z uniwersytetu. Wybuchła szeroka dyskusja na temat ateizmu Fichtego, jednym z ważnych głosów w debacie był tekst F.H. Jacobiego, który utożsamiał idealizm transcendentalny Fichtego i Kanta z „nihilizmem”. W konsekwencji tego sporu Fichte został zmuszony do rezygnacji ze stanowiska na uniwersytecie w Jenie w 1799 roku i przeniósł się do Berlina. Kontrowersję wywołaną przez tekst Fichtego określa się w literaturze jako: „spór o ateizm” (niem. Atheismusstreit).