Na emeryturę przeszedł w 1999 kontynuując pracę na UAM aż do czerwca 2006 w niepełnym i zmiennym wymiarze etatu.Był promotorem 37 nadanych doktoratów, w tym Ryszarda Urbańskiego i Leszka SkrzypczakaIch wykaz oraz wykaz doktoratów, których promotorami byli uczniowie prof. Musielaka znajduje się w https://www.genealogy.math.ndsu.nodak.edu/id.php?id=51931 [Dostęp 2020-10-14].. W latach 1991–1993 był prezesem Polskiego Towarzystwa Matematycznego. W sierpniu 2000 Walne Zgromadzenie Polskiego Towarzystwa Matematycznego nadało Julianowi Musielakowi godność Członka HonorowegoNekrolog https://www.ptm.org.pl/pozegnania [Dostęp 2020-10-19] PTM, a w październiku 2001 PTM nadało mu godność Redaktora Honorowego Roczników PTM – „Commentationes Mathematicae (Prace Matematyczne)”.
Od kwietnia 1953 był mężem Heleny Marii z domu Perdziak (1930–2016). Małżeństwo miało trzy córki i dwóch synów. Jedną z córek jest Maria Musielak, a synem ks. dr. Jan Maria Musielak, zastępca dyrektora Archiwum Archidiecezjalnego w Poznaniu.
Zmarł w Poznaniu, pochowany 19 października 2020 obok żony Heleny na cmentarzu JunikowoNekrolog.