W 2000 roku Mirković podpisał trzyletni kontrakt z tureckim Fenerbahçe SK. W swoim pierwszym sezonie spędzonym w Stambule został mistrzem Turcji oraz dotarł do finału Pucharu Turcji. Rok później został wicemistrzem kraju, ale w sezonie 2002/2003 spisywał się słabiej, podobnie jak klubowi partnerzy. Rozegrał tylko 15 ligowych spotkań, a „Fener” zajęło dopiero 6. pozycję w Superlidze. Po zakończeniu sezonu kierownictwo Fenerbahçe nie przedłużyło z Zoranem kontraktu.
W styczniu 2004 roku Mirković wrócił do Partizana i podpisał z nim 2,5-letni kontrakt. W sezonie 2003/2004 nie zdołał pomóc klubowi w obronieniu mistrzostwa Serbii i Czarnogóry, ale już w 2005 roku świętował wraz z partnerami zdobycie tytułu mistrzowskiego. W 2006 roku znów został wicemistrzem kraju, a 6 marca tamtego roku postanowił zakończyć piłkarską karierę w wieku 34 lat.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1989/90 Radnički Svilajnac Druga liga 15 0 1990/91 FK Rad Prva liga 5 0 1991/92 27 0 1992/93 Prva liga 30 1 1993/94 FK Partizan 26 0 1994/95 29 0 1995/96 27 1 1996/97 Atalanta BC Serie A 22 0 1997/98 30 0 1998/99 Juventus F.C.