W 1909 Edinger, po rozmowach z Fundacją Senckenberga na temat finansowania instytutu neurologicznego, przeniósł się na Uniwersytet we Frankfurcie. Decyzja o mianowaniu go profesorem zawierała klauzulę, że będzie on współodpowiedzialny za finansowanie instytutu. Problemy finansowe zniknęły, gdy zaślubiona z nim w 1886 Anna Goldschmidt otrzymała duży spadek w 1906 roku.
Miał syna i dwie córki. Tilly (1897–1967) została paleoneurologiem, druga córka Dora (1890-1977) wyszła za mąż za fizjologa Wernera Lipschitza (1892–1949), po drugim mężu miała nazwisko Lindley. Syn Friedrich Mark Anton był lekarzem, był żonaty z Dorą z domu MeyerThe central nervous system of vertebrates: a general survey of its comparative anatomy : with an introduction to the pertinent fundamental biologic and logical concepts s. 93.
W 1909 roku Lovis Corinth namalował portret neurologa. W 1915 świętowano 60. urodziny Edingera. Ukazały się wtedy okolicznościowe artykuły Adolfa Wallenberga i Ariënsa Kappersa.