W sezonie 2000/2001 Aluminium wystartowało jednak w IV lidze. W 2002 koniński zespół powrócił do II ligi. W 2004 ponownie zespół zajął ostatnią lokatę w lidze i pożegnał się z drugoligowymi boiskami. Sytuacja finansowa klubu nie pozwoliła na wystartowanie w rozgrywkach III ligi, w związku z czym pierwszy zespół został rozwiązany. Zespół rezerw stał się pierwszym zespołem i wystartował w rozgrywkach A-klasy. Po 25 zwycięstwach i jednej porażce zespół wywalczył awans do klasy okręgowej. W okręgówce Aluminium wygrał wszystkie spotkania i awansował do IV ligi. Latem 2006 ze sponsorowania wycofała się Huta Aluminium w Koninie. W sezonie 2006/2007 zespół wystartował w rozgrywkach IV ligi, grupy wielkopolskiej południowej, w której zajął szóste miejsce. W sezonie 2007/2008 drużyna Aluminium Konin po rundzie jesiennej plasowała się na pierwszym miejscu czwartoligowej tabeli. Nowym sponsorem została firma Avans. 19 maja 2008 władze klubu przywróciły historyczną nazwę – Górnik Konin.
Nazwy klubu Górnik Konin (1957–1967) Zagłębie Konin (1967–1979) Górnik Konin (1979–1997) Aluminium Konin (1997–1999) KP Konin (1999) Aluminium Konin (2000–2008) Avans Aluminium Konin (marzec 2008 – 19 maj 2008) Avans Górnik Konin (od 19 maja 2008) Górnik Konin (od 7 lutego 2012)