Kolejny sezon Aluminium skończył na piątym miejscu.
Lata 1998–1999 oznaczyły się trudnościami finansowymi klubu w związku z rezygnacją ze sponsorowania przez Radę Nadzorczą Impexmetalu SA. Aluminium grał bardzo skutecznie i po rundzie jesiennej zajmował 1. miejsce. Pod koniec rundy zwolniono trenera Jerzego Kasalika. Na początku 1999 roku KS Aluminium Konin przekształcono w Sportową Spółkę Akcyjną Aluminium Konin, obejmującą tylko drugoligowy zespół piłkarzy, natomiast pozostałe drużyny – czwartoligowa, juniorzy i trampkarze – pozostały w KS Aluminium jako Stowarzyszenie Sportowe. Ostatecznie sezon Aluminium zakończyło na 5. miejscu. W kolejnym sezonie 1999/2000 pierwszy zespół, występujący w II rundzie, zmienił nazwę na Klub Piłkarski Konin Sportowa Spółka Akcyjna. Drugi zespół, trzecioligowy pozostał przy hucie Aluminium jako KS Aluminium Konin SSA. KP Konin po I rundzie zajmowało ostatnie miejsce. Przed rozpoczęciem drugiej rundy drużyna KP Konin SSA została przeniesiona do Bydgoszczy z zachowaniem do końca sezonu obecnej nazwy zespołu. Zdobywa w rundzie rewanżowej 8 punktów i spada do III ligi. KS Aluminium Konin spada z III ligi do IV.