W międzynarodowych mistrzostwach Francji znalazła się w półfinale, gdzie przegrała 3:6, 2:6 z Monicą Seles. Na tym samym etapie zakończyła starania o trofeum wimbledońskie. Nie dodała do swojego konta ani jednego tytułu w US Open Series, ale w najważniejszym z turniejów, czyli US Open, doszła do finału, pokonana przez Lindsay Davenport. Niepowodzenia w sezonie halowym i utratę fotela liderki rankingu na rzecz wspomnianej Amerykanki powetowała sobie pierwszym w karierze triumfem w Masters. W finale wygrała z Davenport 7:5, 6:4, 4:6, 6:2. W sumie w osiemnastu startach aż siedemnaście razy osiągnęła przynajmniej ćwierćfinał.
Hingis przejęła kontrolę również nad konkurencją deblową. W 1998 roku zdobyła Klasycznego Wielkiego Szlema w grze podwójnej. Uczyniła to jako czwarta kobieta w historii (wcześniej Maria Bueno w 1960 oraz Martina Navrátilová i Pam Shriver w 1984). W Melbourne partnerowała jej Mirjana Lučić, a w Paryżu, Londynie i Nowym Jorku Jana Novotná. 8 czerwca 1998 została liderką klasyfikacji deblowej i jedną z sześciu tenisistek w historii, które przewodziły jednocześnie w obydwu rankingach WTA.