Szwajcarka wzięła udział w turnieju kończącym sezon, ale razem z Novotną zostały pokonane w ćwierćfinale przez Yayuk Basuki i Caroline Vis.
1999 thumb|250px|Turniej w Kalkucie, 2006 Mistrzostwo w Chase Championships nie pozwoliło Hingis powrócić na pierwsze miejsce w klasyfikacji. W styczniu po raz trzeci z rzędu wygrała Australian Open, tym razem eliminując w finale nierozstawioną Amélie Mauresmo. Najlepszą tenisistką świata została ponownie, dopiero gdy triumfowała w Tokio. Po serii mniej udanych występów zwyciężyła w Hilton Head oraz w Berlinie. W czerwcu awansowała do finału Roland Garros. Był to jedyny turniej wielkoszlemowy, którego jeszcze nie wygrała. Nie udało się jej to i tym razem. Szwajcarka przegrała ze Steffi Graf po meczu, który został uznany w głosowaniu kibiców za najlepszy pojedynek w trzydziestoletniej historii organizacji tenisistek zawodowych WTA. Mecz ten, w którym Hingis serwowała na wygranie turnieju przy 5:4 w drugim secie, załamał ją psychicznie – złościła się na korcie, próbowała serwować od dołu (co jest bardzo źle przyjmowane przez widzów), wreszcie popłakała się – popadła w konflikt z matką-trenerką. Zawodniczka z Koszyc podczas konferencji prasowej po przegranym meczu pierwszej rundy Wimbledonu zapytana, dlaczego odrzuciła propozycję gry deblowej u boku Jany Novotnej obraziła ją, mówiąc: „ona jest za stara i powolna”.