W 1327 Michał z Ceseny został wezwany na dwór papieski do Awinionu. Dnia 22 maja roku następnego został przez braci mniejszych ponownie wybrany generałem (kapituła w Bolonii). Papież nałożył na niego areszt domowy. Nocą z 26/27 maja Michał z Ceseny uciekł z Awinionu wraz z grupą braci. Byli wśród nich filozof i teolog William Ockham oraz prawnik Bonagracja z Bergamo. Po wejściu na statek w Aigues-Mortes dostali się do Pizy, gdzie stacjonowały wojska Ludwika IV Bawarskiego, kandydata na tron cesarski.
Jan XXII zdjął Michała z urzędu bullą Cum Michaël de Caesena z 28 maja 1328. Następna bulla Dudum ad nostri z 6 czerwca 1329, ogłaszała jego ekskomunikę. Wraz z generałem ekskomunikowani zostali William Ockham i Bonagrazia da Bergamo. Ekskomunika została powtórzona 16 listopada tego samego roku w bulli Quia vir reprobus Michaël de Caesena.