245 .
Następnie został wyznaczony do pilotowania pojazdu „Freedom 7-II” w ramach misji Mercury 10, planowanej na trzy dni w październiku 1963, którą jednak odwołano 13 czerwca 1963. W rezultacie powierzono mu funkcję pilota-dowódcy pierwszej załogowej misji w ramach programu Gemini. Jako drugi pilot miał lecieć Thomas Stafford. Niestety na początku 1964 u Sheparda stwierdzono chorobę Ménière’a, powodującą narastanie ciśnienia w uchu wewnętrznym, skrajną nadwrażliwość zmysłu równowagi, a w konsekwencji dezorientację i mdłości. Dolegliwość ta była przyczyną wykluczenia go z lotów niemal do końca lat 60. XX wieku. Natomiast misję Gemini 3 wypełnili Virgil Grissom i John Young.
W 1963 Shepard został mianowany szefem Biura Astronautów (Chief of the Astronaut Office), do jego obowiązków należały: nadzór koordynacji, planowania i kontroli wszystkich czynności związanych z astronautami NASA, w tym przygotowanie i wdrożenie programów treningu, zapewniających gotowość personelu naziemnego i pilotów w ramach misji załogowych; zbieranie ocen pilotów dotyczących projektów, konstrukcji i działania podsystemów w statkach kosmicznych oraz oprzyrządowania naziemnego; tworzenie jakościowych ocen naukowych i inżynierskich, wspomagających ogólne planowanie misji, formułowanie procedur operacyjnych, wybór i prowadzenie poszczególnych