Właściwości Smak, lepkość oraz skład mikrobiologiczny i chemiczny kefiru są zależne od typu użytego mleka, wielkości kultury startowej (proporcji objętości ziaren kefirowych do objętości mleka), temperatury, czasu fermentacji produktu (1 do 3 dni) oraz czasu chłodzenia i dojrzewania po fermentacji. Kefir ma wartość odżywczą zbliżoną do jogurtu. Zawiera białko, tłuszcz mlekowy, około 1% kwasu mlekowego, znaczne ilości dwutlenku węgla, 0,002–0,005% etanolu (wg współczesnych technologii produkcji w Niemczech), wiele witamin (B2, B12, K, A i D), minerałów (wapń, fosfor, magnez), aminokwasów (tryptofan) i enzymów. Zawartość i etanolu jest zależna od stosowanej technologii.
Kefir ma podobne do jogurtu działanie pobudzające apetyt i zwiększające wydzielanie enzymów trawiennych, przez co usprawnia trawienie pokarmów.
Badania wpływu kefiru na zdrowie przynoszą różne wyniki. Potwierdzenie wielu stawianych tez wymaga dalszych testów. Wstępne dane potwierdzają hipotezę, że regularne picie kefiru jest korzystne dla organizmu na wiele sposobów.