Miały one pewne cechy charakterystyczne dla sądów doraźnych, takie jak: obowiązkowe aresztowanie oskarżonego, skrócenie terminów procesowych (akt oskarżenia musiał zostać wniesiony w ciągu 14 dni od momentu ujęcia podejrzanego, a termin rozprawy wyznaczony w ciągu 48 godzin od otrzymania aktu oskarżenia) oraz brak jakichkolwiek środków odwoławczych. W sprawach rozpatrywanych przez specjalne sądy karne nie prowadzono śledztwa, a jedynie dochodzenie. Wyrok, wydawany natychmiast po naradzie sądu, był ostateczny i nie podlegał zaskarżeniu. Jedynie w przypadku orzeczenia kary śmierci skazanemu przysługiwało prawo wniesienia prośby o ułaskawienie do Przewodniczącego Krajowej Rady Narodowej. Specjalne sądy karne funkcjonowały jedynie przez 2 lata – zostały zniesione na mocy dekretu Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej z dnia 17 października 1946 r. o zniesieniu specjalnych sądów karnych, a sprawy należące do ich właściwości przekazane sądom okręgowym.