Nigdy nie zatrudniał pielęgniarek, co jego krytycy poczytywali za wyraz zbyt daleko posuniętej oszczędności. Portret drugiej żony Doyena pędzla Giovanniego Boldiniego|thumb Zajmował się balistyką, współpracując m.in. z Gustave'em Eiffelem. Prace te były na tyle interesujące dla japońskiego sztabu generalnego, że wysłały agenta, który pracował w laboratorium Miecznikowa Instytutu Pasteura, a potem w Instytucie Doyena przez wiele lat. Po nagłej śmierci chirurga agent ukradł całą kolekcję anatomiczną i zaginął.

Prywatne życie Doyena budziło równie wiele kontrowersji co jego działalność zawodowa. Rozwiódł się z pierwszą żoną Lucie z domu Drumel (1863–1938), z którą miał troje dzieci, i prowadził bujne życie erotyczne, z czym się zupełnie nie krył. Ostatecznie ożenił się ponownie z aktorką Andrée Laure Suzanne Marconnier w 1907 roku.

Zmarł nagle w 1916 roku w wieku 56 lat. Pochowany jest na Cmentarzu Père-Lachaise.