Doyen popadł w konflikt z paryskim Faculté de médecine i poddany ostracyzmowi ze strony środowiska medycznego. Pretekstem do wykluczenia Doyena z instytucji akademickich było przeprowadzenie przez niego eksperymentalnego zabiegu przeszczepienia nieunaczynionego fragmentu guza sutka zdrowej pacjentce, by uzyskać odpowiedź immunologiczną, którą można by skierować przeciwko guzowi. Odkrył też w guzach nowotworowych mikrokoki, które mylnie uznał za czynnik etiologiczny nowotworu. Na ich podstawie przygotował surowice, które u pewnej grupy pacjentów dały częściową remisję wskutek niespecyficznej stymulacji immunologicznej, co upewniło Doyena, że jest na właściwej drodze, a władze uczelni, że chirurg ma szalone pomysły.
Doyen był redaktorem naczelnym "Revue Critique de Médecine et de Chirurgie", czasopisma, na łamach którego Józef Babiński miał możliwość publikowania artykułów podważających teorie Charcota o organicznym charakterze histerii, oraz "Archives de Doyen", w którym z czasem ukazywały się niemal wyłącznie jego własne artykuły. Otworzył około dwudziestu klinik w Paryżu. Ponieważ nie mógł liczyć na wsparcie organizacji charytatywnych, utrzymywał je z własnej fortuny wspomaganej hojnymi wpłatami zamożniejszych pacjentów.