Według innych hipotez cytowanych przez Gąsiorowskiego Gestapo odkryło kryjówkę podczas obserwowania konsula Morgensena bądź też otrzymała informację wskutek zdrady jednej z łączniczek „Gryfa Pomorskiego”, która utrzymywała kontakt między Cylkowskim a Dambkiem.
Podczas ponownego śledztwa był torturowany. 8 czerwca 1944 Cylkowski został osadzony w obozie koncentracyjnym Stutthof, gdzie otrzymał numer 36573. Jako więzień polityczny trafił do obozu wyłącznie w celu wykonania egzekucji. Tuż przed wykonaniem kary śmierci został podleczony w obozowym rewirze. 12 lipca 1944 roku o godzinie 18:20 został stracony przez powieszenie. Okoliczności wydania wyroku śmierci pozostają niejasne. Historyk Bogdan Chrzanowski wysunął pogląd, że wyrok mógł ustanowić policyjny sąd doraźny działający na Pomorzu, przy czym działalność policji (odnotowywana w dokumentach Delegatury Rządu RP na Kraj i prasie podziemnej) nie została potwierdzona. Cylkowski został stracony wraz z trzema innymi więźniami: Polską i dwoma Rosjanami. Według relacji innego byłego więzienia KL Stutthof Lecha Duszyńskiego, podczas egzekucji byli obecni Paul Werner Hoppe, Theodor Meyer i dr Otto Heidl. Po odczytaniu wyroku Cylkowski miał krzyknąć Niech żyje Polska.