Spisek Marescottich Rządy Bentivoglio ciągle słabły na skutek intensywnych działań przeciwników, którzy w Cezarze Borgii szukali sprzymierzeńca. Rok 1501 przyniósł jeszcze jedno przykre dla rodziny Bentivoglio wydarzenie. Był nim spisek Marescottich. Za radą Ginevry Sforza wielu z organizatorów i uczestników sprzysiężenia zostało zamordowanych. W 1505 Bolonię nawiedziło trzęsienie ziemi, które naruszyło słynną wieżę, pałac rodziny Bentivoglio i wiele innych budowli. Wielu członków rodziny wyprowadziło się wówczas z Domus Aurea. Pozostał w nim Giovanni II.
Upadek Malvezzi i Marescotti, którzy uszli przed prześladowaniami, schronili się w Rzymie pod opieką papieża Juliusza II, prosząc, aby uwolnił Bolonię od tyranii Giovanniego Bentivoglio. Papież więc nakazał wszystkim członkom rodziny Bentivoglio opuścić miasto. Giovanni jednak nie posłuchał. Wojska papieskie zbliżały się jednak nieuchronnie i w obliczu silniejszego przeciwnika Giovanni zdecydował się na ucieczkę. 2 listopada 1506 opuścił Bolonię i schronił się w Mediolanie, pod opieką króla Francji Ludwika XII. Dziewięć dni później papież wkraczał triumfalnie do Bolonii. Przeciwnicy Giovanniego splądrowali i zniszczyli wówczas pałac Bentivoglio.