W roku 2000 wysunął koncepcję budowy w kościele wielkiego ołtarza głównego z bursztynu, a następnie koordynował jego powstawanie w pierwszej fazie.
16 listopada 2004 arcybiskup gdański odwołał go z urzędu proboszcza, podając w dekrecie jako powód „wykorzystywanie ambony dla celów pozaduszpasterskich” oraz „nieład etyczny na plebanii”. Ks. Jankowski odwołał się od tej decyzji do watykańskiej Kongregacji ds. Duchowieństwa, która w październiku 2005 podtrzymała decyzję arcybiskupa. Od decyzji tej ks. Jankowski odwołał się do Sygnatury Apostolskiej. Do momentu przejścia kapłana na emeryturę Stolica Apostolska nie zajęła stanowiska w tej sprawie, zatem do tego czasu ks. Jankowski formalnie nigdy nie przestał być proboszczem.
31 sierpnia 2009 ogłosił decyzję o przejściu na emeryturę i zrzeczeniu się probostwa z ostatnim dniem września. Uroczyste pożegnanie odbyło się 26 września 2009 w kościele pw. św. Brygidy. Pożegnalnej mszy świętej przewodniczył i homilię wygłosił ks. arcybiskup Sławoj Leszek Głódź. W uroczystości udział wzięli m.in.