W uzyskaniu zgody biskupa na warunkowe wyświęcenie kleryka Jankowskiego (który nie zdał jeszcze wszystkich egzaminów, w tym rigorosum) pomógł ks. Antoni Baciński. Pracę rozpoczął Jankowski jako pomocnik proboszcza Józefa Zator-Przytockiego, jednak stosunki między nimi nie układały się prawidłowo. Powodem niechęci proboszcza do Jankowskiego, było jego wystawne życie i zarabianie pieniędzy na niemieckich turystach. Na swoją prośbę Jankowski został przeniesiony do parafii w Dolnym Mieście, gdzie pełnił obowiązki wikariusza, podobnie jak w parafii św. Barbary (1967–1970).
Kuria gdańska chcąc dźwignąć z ruin (brak wyposażenia, brak dachu) kościół św. Brygidy, mianowała na początku 1970 roku Jankowskiego administratorem parafii. Nominacja ta uzyskała zatwierdzenie przez Urząd do Spraw Wyznań WRN 17 marca 1970, kiedy Jankowski złożył ślubowanie dochowania wierności Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej oraz przestrzegania jej porządku prawnego. Korzystając ze swych kontaktów i znajomości języka niemieckiego Jankowski pozyskał w RFN środki na jego odbudowę, w wyniku czego już w 1974 kościół był odgruzowany, uporządkowany i pokryty dachem.