We wrześniu 1940 roku przedstawiciele Tarbutu weszli w skład Komisji Porozumiewawczej dawnych organizacji szkolnych, która planowała odtworzenie legalnych lub półlegalnych żydowskich szkół w Warszawie. W listopadzie 1940 roku powstała w Warszawie Rada Szkolna, w skład której z ramienia Tarbutu weszli Menachem Kirszenbaum, Lejzor Lipa Bloch i Szaul Rosenblum. Organizacja planowała utworzenie sieci tajnego nauczania przy kuchniach dziecięcych. W styczniu 1941 roku planowano otwarcie trzech szkół podstawowych, nie doszło do tego jednak z powodu sprzeciwu ze strony CENTOSu, który przejął prowadzenie wszystkich kuchni dziecięcych w getcie.
1 października 1941 roku w getcie warszawskim otwarto trzy konspiracyjne szkoły Tarbutu: przy Nowolipkach 68, Nowolipkach 22 i Prostej 8, później otwarto jeszcze jedną szkołę. Jesienią 1941 roku otwarto także gimnazjum Tarbutu, które realizowało program gimnazjum ogólnokształcącego z dodatkowymi przedmiotami judaizmu, historii Żydów, Biblii i palestynoznawstwa. Wśród nauczycieli gimnazjum był m.in. Michał Brandstätter, a dyrektorem był Natan Eck. Lekcje gimnazjum prowadzono początkowo w kuchni ludowej przy ulicy Leszno 29, a następnie w kuchni przy Nowolipkach 68.