W 1998 roku Francisco przeszedł do innego brazylijskiego klubu, SE Palmeiras. Zdobył z nim kolejny krajowy puchar, a także Copa Mercosur. Kolejny sukces z tym klubem osiągnął rok później, kiedy drugi raz w karierze wygrał Copa Libertadores (0:1, 2:1 karne 4:3 z Deportivo Cali). Natomiast w 2000 roku został zwycięzcą Copa dos Campeões oraz wygrał turniej Torneio Rio-São Paulo. Ogółem w Brazylii spędził 8 sezonów, w trakcie których rozegrał 134 mecze i zdobył 29 goli.
W 2003 roku Arce trafił do Japonii i przez rok występował w klubie J-League, Gamba Osaka. Nie osiągnął większych sukcesów i w 2004 roku wrócił do Paragwaju. Przez dwa sezony występował w stołecznym Club Libertad, a w 2006 roku zakończył karierę w barwach 12 de Octubre z miasta Itaugua.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1989 Cerro Porteño Primera División ? ? 1990 Cerro Porteño Primera División ? ? 1991 Cerro Porteño Primera División ? ? 1992 Cerro Porteño Primera División ? ? 1993 Cerro Porteño Primera División ? ? 1994 Cerro Porteño Primera División ? ?