Sojuz P i Sojuz PPK – warianty „myśliwskie”, których zadaniem była inspekcja i ewentualne niszczenie wrogich satelitów – projekty zarzucono, gdy ZSRR udanie przetestował bezzałogowe satelity-niszczyciele Polot 1 i Polot 2. Sojuz R – pojazd rozpoznawczo-dowódczy, składający się z dwóch pojazdów Sojuz: części pozostającej stale na orbicie, zbudowanej na podstawie Sojuza, w którym moduł lądownika i moduł mieszkalny zastąpiono sekcją zawierającą oprzyrządowanie, oraz modułu transportowego, wyposażonego w pierścień do dokowania, dostarczającego na orbitę załogę – projekt zlikwidowano i zastąpiono projektem Ałmaz.
Najbardziej udanym programem pochodnym programu Sojuz jest seria automatycznych pojazdów transportowych Progress, posiadająca system nawigacyjny i system automatycznego dokowania z kapsuły Sojuz, nie zawierający jednak modułu załogowego.
Rakieta nośna
Służąca obecnie rakieta nośna Sojuz 2 stanowi bezpośrednie rozwinięcie rakiety R-7 – pierwszego na świecie międzykontynentalnego pocisku balistycznego. Rakieta składa się z czterech odrzucanych rakiet wspomagających, stanowiących w terminologii rosyjskiej jej pierwszy stopień, oraz dwustopniowej, centralnej rakiety nośnej.