Pierwszy lot (Sojuz MS-01) odbył się w lipcu 2016 r.

Modyfikacje i pochodne Kapsuła Sojuz stanowiła podstawę dla wielu pojazdów, z których wiele nigdy nie weszło do służby. Kapsuła w swoim najwcześniejszym kształcie miała w założeniu być w stanie odbyć podróż na Księżyc bez konieczności wykorzystania ogromnej rakiety nośnej, takiej jak Saturn V czy radziecka N1, wykonując zamiast tego serię manewrów dokowania z pozostawionymi uprzednio na orbicie górnymi stopniami rakiety nośnej Sojuz i wykorzystując ich paliwo do rozpędzenia się. Innym programem rozwojowym był pojazd Zond, który miał pozwolić dwóm kosmonautom na wykonanie przelotu wokółksiężycowego. Planowano także kilka wariantów wojskowych – włącznie z „niszczycielami”, ale nigdy nie zrealizowano tych projektów.