Kadłub i struktura Kadłub okrętu miał długość 809 stóp i 6 cali (246,5 metra), zaś długość na linii wodnej wynosiła 770 stóp (234,6 metra). Zanurzenie okrętu wynosiło 26 stóp (7,9 metra). Decyzja marynarki o budowie okrętu o wyporności 20 000 ton umożliwiła ujęcie w jego konstrukcji opancerzenia elementów żywotnych z punktu widzenia przeżywalności na polu walki. Celem ochrony przed ogniem artyleryjskim krążowników i niszczycieli, kadłub chroniony był pasem pancernym o grubości od 4 do 2,5 cala (101,6–63,5 mm), podobnie jak nadbudówka okrętu, która miała czterocalowy pancerz po bokach oraz dwucalowy na szczycieDavid Doyle: USS Enterprise (CV-6), s. 14.. Podobnie opancerzony był przedział maszyny sterowej, z pancerzem o takiej samej grubości. Wewnątrz kadłub podzielony był pancernymi grodziami o grubości 4 cali.
Najsłabszym punktem konstrukcji „Enterprise” była powodowana traktatowymi limitami wyporności podatność maszynowni okrętu na atak podwodny – pojedynczej torpedy zdolna była do przebicia relatywnie słabej ochrony przeciwtorpedowej, co mogło wyłączyć z użytku całą siłownię. Dlatego też w 1943 roku okręt został zmodernizowany m.in. poprzez dodanie bąbli przeciwtorpedowych po obu stronach kadłuba.