Zakon mógł też prowadzić Dom Pomocy dla Mężczyzn z Niedorozwojem Umysłowym, który powstał w jego klasztorze w Konarach.
Po upadku komunizmu zakon powraca do swej działalności szpitalnej. W 1997 roku doszło do odzyskania przez bonifratrów krakowskiego szpitala, a następnie w 2000 r. szpitala łódzkiego. Szpital w Marysinie został odzyskany w 2001 r., jednak z powodu złego stanu pomieszczeń musiał być przez długi czas remontowany. W 2006 r. został uruchomiony jako szpital rehabilitacyjny. Trzy lata później udało się odzyskać kolejny szpital bezprawnie uwłaszczony przez komunistyczne władze. Jest to Szpital Zakonu Bonifratrów pw. Aniołów Stróżów w Katowicach, który od 1 kwietnia 2009 r. powrócił pod zarząd braci bonifratrów.
W 1993 r. dzięki staraniom o. Ludwika Sokoła i br. Eugeniusza Kreta oddano do użytku nowe skrzydło Domu Pomocy Społecznej w Konarach, co bardzo poprawiło warunki lokalowe pensjonariuszy. W 2000 r. otwarto tam także Centrum Warsztatowo-Rehabilitacyjne wraz ze Stacją Opieki Socjalnej. W 2013 roku powołano Bonifraterską Fundację Dobroczynną, która przejęła prowadzenie: Warsztatu Terapii Zajęciowej, Środowiskowego Domu Samopomocy, Domu Pomocy Społecznej i Zakładu Aktywności Zawodowej. W 2020 r.