LASIK redukuje ilość komórek kubkowych, odpowiedzialnych za warstwę mucynową filmu łzowego. Dodatkowo zmieniony kształt rogówki wpływa na nierównomierne rozprowadzenie łez. Większość pacjentów (95%) doświadcza objawów zespołu suchego oka bezpośrednio po operacji. W okresie od pół roku do roku po operacji od 20 do 40% pacjentów nadal ma zespół suchego oka. U części z nich utrzymuje się on do końca życia (12,5% do 35%). Zespół suchego oka może być przyczyną depresji i utrudniać pracę przy komputerze, w klimatyzowanym pomieszczeniu, czy na wietrze. Odnotowano przypadki samobójstw z powodu powikłań po chirurgii refrakcyjnej. Krople sterydowe stosowane po zabiegu powodują wzrost ciśnienia w oku u od 7 do 10% osób. Metoda LASIK utrudnia dokładny pomiar ciśnienia w oku i wczesne wykrycie jaskry. Utrudnia także dobór soczewek przy operacji zaćmy, na którą pacjenci po chirurgii refrakcyjnej zapadają częściej i wcześniej. Ciśnienie wywierane na oko w trakcie zabiegu metodą LASIK może doprowadzić do powstania mętów ciała szklistego. Spowodowane operacją zniekształcenia powierzchni rogówki oraz problemy z filmem łzowym mogą powodować podwójne widzenie.